ביודיזל מתייחס לדלק נוזלי שיכול להחליף סולר פטרוכימי, המיוצר בתהליך הנקרא טרנסיפיקציה באמצעות חומרי גלם כגון שמנים מן החי וצומח, שמנים מיקרוביאליים ושמן בישול פסולת. הוא מפגין מסיסות מצוינת עם סולר וניתן להשתמש בו בשילוב או לבד עם סולר סטנדרטי. זוהי "אנרגיה ירוקה" טיפוסית נקייה ומתחדשת ואלטרנטיבה אידיאלית למשאבים שאינם מתחדשים כמו נפט.
שמן צמחי לא מטופל יכול להישרף גם במנועי דיזל, אבל הצמיגות שלו גבוהה כמעט פי 20 מהדיזל, עם נקודת הבזק גבוהה מאוד (מעל 200 מעלות). מאפיינים אלה מקשים על התאדות של שמן צמחי בתוך מנוע הדיזל, מה שגורם לבעיות שונות. לאחר עיבוד, כגון עיבוד אסטריפיקציה, שמן צמחי הופך לביו-דיזל, שתכונות הדלק שלו דומות מאוד לדיזל.
ביודיזל הוא תערובת המופקת משומנים מן החי והצומח, המורכבת בעיקר מחמישה אסטרים של מתיל חומצות שומן: מתיל פלמיטאט (C16H32O2), מתיל סטארט (C18H36O2), מתיל אולאט (C19H36O2), מתיל לינולאט (C19H34O2) ומתילולן (C2902) .
לאסטרים מתיל אלה יש מבנים כימיים דומים, עם קבוצה פונקציונלית מתיל אסטר המחוברת לשרשרת פחמן. הרכב כימי כזה פשוט הרבה יותר בהשוואה לסולר פטרוכימי, והוא נטול פחמימנים ארומטיים ובעיקר נטול גופרית. שריפת ביו-דיזל במנועי דיזל מפחיתה משמעותית את פליטת הפליטות של פחמימנים ארומטיים פוליציקליים (PAH), בעוד שפליטת דו-תחמוצת הגופרית (SO2) היא כמעט אפסית.
לסיכום, ישנם שני יתרונות לשריפת ביו-דיזל: ראשית, התכונות הפיזיקליות והכימיות שלו דומות לדיזל המסורתי, ושנית, שריפת ביו-דיזל יכולה להפחית פליטות של מזהמים מסוימים כמו PM, CO ו-HC ממנועי דיזל.